Époque moderne 

Cette bataille de plus de 500 ans pour le contrôle de la Péninsule Ibérique se termina avec l’arrivée des Rois Catholiques, au XVe siècle. En 1487, Malaga fut reconquise par les chrétiens, néanmoins les musulmans restèrent à Nerja les années suivantes. 

Trois cultures cohabitaient sur la côte : les chrétiens, les arabes et les juifs, jusqu’à ce qu’un nouvel arrêté obligea toutes les personnes qui n’étaient pas chrétiennes à se convertir ou à abandonner le royaume. Des histoires racontent que la plage del Salón de Nerja s’appelle ainsi car elle fut témoin de l’exode de centaines de juifs qui s’en allaient en disant le mot « Shalom ». Les musulmans furent eux aussi obligés d’abandonner une terre où ils avaient vécu pendant plusieurs générations. 

Au XVIe siècle Nerja se dépeupla. Actuellement, les habitants de Nerja qui reconnaissent être les descendants de familles qui vécurent dans la région pendant plus de cinq siècles possèdent des noms de familles de juifs convertis comme Moreno, Herrero, Ávila, Jaime ou Leyva. 

Pour repeupler Nerja, des habitants de Castille, les Asturies, Galice et Valencia s’y installèrent. Tous les habitants furent obligés de posséder une arme pour éviter une possible invasion des musulmans. Des canons furent installés sur la Tour des Gardes (Torre de los Guardas), l’actuel Balcon d’Europe, autour de laquelle vivaient les habitants. L’agriculture et la guerre étaient les activités principales de l’époque. 

La menace constante des attaques des pirates musulmans donna lieu à un nouveau dépeuplement et pour y mettre fin, la ville de Nerja signa en 1515 une « Charte d’Autonomie » à travers laquelle elle déclarait ne plus appartenir à Vélez. Son territoire fut alors délimité par la rivière Chíllar, la Fuente del Esparto, El Madroño, la rivière de la Miel et Cantarriján. Les terres furent réparties entre les nouveaux habitants, qui pour devenir propriétaires devaient vivre pendant dix ans sur la commune. Le village commença son expansion, et se consacra notamment à l’élevage de vers à soie. 

La dernière bataille contre les musulmans eut lieu à Nerja en 1567, lorsque la rébellion maure des Alpujarras atteignit le village de Cómpeta, proche de Nerja. Malgré la supériorité des musulmans, les chrétiens gagnèrent la bataille deux ans plus tard et les maures qui survécurent furent emprisonnés. À l’issue de ce fait historique, les seuls vestiges arabiques qui restèrent à Nerja furent la Torre de los Guardas et les ruines du Castillo Alto (Château élevé). 

De nouvelles maisons et des défrichages favorisèrent l’expansion et la croissance de la ville au cours des années suivantes. C’est à cette époque que les tours de guet furent construites sur toute la côte de Malaga, pour apercevoir les bateaux pirates et empêcher leur débarquement. Les tours de guet communiquaient entre elles par des signaux de fumée. Si un bateau était aperçu au loin, on sonnait le « a rebato », qui signifiaient « les maures ont atteint la côte ». Nerja construisit « La Torrecilla », sur la plage qui porte aujourd’hui son nom. 

Au cours des années suivantes, Nerja enregistra une croissance démographique et économique importante. La culture de la canne à sucre entraîna la construction de la première usine de sucre d’Espagne. On construisit des églises à Nerja et à Maro, on restaura le château et on modifia la commune pour améliorer la défense de la côte. En 1697, la première phase de construction de l’église de El Salvador fut achevée, puis ce fut le tour de l’ermitage de las Angustias en 1720.